ちなみに書いてる人の作品クオリティは語るに落ちるですが、とりあえず「漫画同人誌の体は成している」と信じています。
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・ショートカットキー
◎ツールメニュー直下
原則全て設定しています。（グラデーション、タイムライン等覗く）
グラデーションツールが未設定なのは、このツールを使う際はほとんど選択範囲を取る→グラデーションを貼る、という流れのためです。（選択範囲ランチャーにいてます）
よって、単キー押しでのショートカットは20です。ツール切り替え時のロスは消していきましょう。

◎キャンバス表示まわり
拡縮、回転、移動、反転、リセットなどですね。表示をリセットはわりとミソです。
左腕キーボードの十字キー、ホイールに宛てています。ここは極力直感的にできるとよいでしょう。
この類いのショートカットで+10です。


◎設定まわり
ctrlやshift、つまり修飾キーとの同時押下でもショートカット設定ができます。
ここで使う頻度が高いのは、
1.ウィンドウの表示切替
　作業スペースを広めに取りたいので、レイヤーパネルとプロパティはウィンドウにして、ctrl+何かで表示非表示を切り替えています。ペン入れのときなどは基本的に非表示。オートアクションも使うときだけ出します。
2.設定切替
　スナップの切替や選択範囲ストックなど
3.その他動作
　変形、メッシュ変形など
4.レイヤー関係
　結合やフォルダー化など

覚えきれないのもあるため上で上げた全ての単キーに同時押下設定を付与してはいませんが、だいたい+10くらいかと。

◎オートアクションや特定の動作
これはかなり大事ですね。よく使いがちな一連の流れはオートアクションに登録して、それ自体にショートカットを設定して呼び出します。
定規の作成はちょいちょいやるので、各定規ごとにファンクションキーなどを宛てています。パース定規各種、特殊定規各種など。
ここでショートカット設定は+20程度。ツール切替ほど脳直で頻繁には使わないため覚えきれないので、10キーなどに割り当ててシールを貼っています。

なので設定としてはショートカットは50程度ありますかね……。多いのか少ないのか分からない。覚えやすさと使いやすさで自分のやりやすい数でやるとよいかと思います。


・コマンドバー、選択範囲ランチャー
ここからはあまり気にしてない人もいるかも。クリスタ画面の上部にあるメニューですが、これは編集できます。
よく使うファイル書き出しや、画像の読み込みなどを追加しました。
選択範囲を取ったときに出てくるメニューも編集できます。選択範囲を取った後にやりがちな動作を入れておくと吉。私はグラデーションや素材登録、ベクター選択などですね。


・新規作成時のお作法
特に漫画はレイヤーセットを先に使っておくとよいです。私の場合は下書きセットとコマ枠フォルダー一つ、その中に線画用ベクターとベタ用ラスターと各種トーンレイヤーを入れておきます。
コマ枠フォルダーは増やしません。ここはもう人にはよるとは思いますが、データの重さと管理のしやすさを考えるとコマ割り時にフォルダー分割はしないほうがベターではと。

レイヤーが増えがちなデジタル作画において、レイヤー管理を（自分に分かる範囲で）整然とさせるのは肝だと思います。私は基本的には上の構成で、そこから増やすのは主には各コマの背景レイヤーです。（コマ順に管理）
数が増えれば増えるほど管理が煩雑になり、編集時に探すことにもなりかねないので、私は増やさない方向性一択ですね……。
その点ベクターレイヤーはかなり寄与しています。塗り潰しにも対応してくれたらベタレイヤーも作らないかも。（さすがにそれは無いでしょうが……）


・マスク
あんがい使わない人多いかも。主に背景レイヤーで利用します。（新規ベクターレイヤー→人物以外を選択範囲取ってマスク。この動作もオートアクションのショートカット呼び出ししています）
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